Burrete 1.0.22

Burrete je aplikace pro macOS pro prohlížení molekulárních strukturních souborů. Nabízí interaktivní 3D náhledy přes Mol*, vykreslování molekulových mřížek přes RDKit, SVG vykreslování přes externí xyzrender a editor molekul Ketcher. Rozšíření Quick Look pro Finder umožňuje rychlý náhled molekulárních souborů stiskem mezerníku. Podporuje širokou škálu formátů včetně PDB, SDF, MOL2, XYZ, CIF, GRO, XTC, LAMMPSTRJ a dalších. Aplikace je určena pro každodenní práci v oblasti výpočetní chemie, strukturální biologie a chemoinformatiky.

Pracovní plocha nabízí náhledy v záložkách se zachováním stavu vykreslovače, boční panel pro procházení projektových složek, paletu příkazů a dokovací panely pro porovnávání struktur a textových souborů. Kolekce molekul podporují vyhledávání, třídění, filtrování přes SMARTS a export. Součástí je aplikace pro iPhone sestavitelná ze zdrojového kódu, veřejný MCP plugin pro prohlížení molekulárních souborů v ChatGPT a Codex, a lokální Codex plugin pro řízení pracovní plochy agentem. Aplikace umožňuje třídění struktur, revizi pozic dokování a náhledy FEP sítí v GraphML.

Hlavné možnosti

• Interaktivní 3D: Prohlížení struktur přes Mol* s podporou trajektorií a orientací pohledu.
• Quick Look: Náhledy molekulárních souborů ve Finderu stiskem mezerníku.
• RDKit mřížky: Kolekce SDF, SMILES, CSV a TSV s vyhledáváním, tříděním a filtrováním přes SMARTS.
• xyzrender: SVG vykreslování pro XYZ, CUBE, FDF, VASP, MAE a další výpočetní formáty.
• Ketcher: Editor malých molekul pro náčrt, import a export běžných formátů.
• Záložkový pracovní prostor: Náhledy v záložkách, boční panel, paleta příkazů, dokovací panely pro porovnávání.
• iPhone aplikace: Náhledy struktur na telefonu s podporou Mol* a RDKit mřížek.
• Veřejný MCP plugin: Prohlížení molekulárních souborů a PDB záznamů v ChatGPT a Codex.
• Codex plugin: Řízení pracovní plochy agentem s typovaným lokálním MCP serverem.
• FEP sítě: Náhledy ligandových sítí v GraphML s kartami a mřížkami.
• Široká podpora formátů: PDB, SDF, MOL2, XYZ, CIF, GRO, XTC, LAMMPSTRJ, TOP, PSF, PRMTOP a další.